Secara substansial, pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) YPI Al Ikhlas Painan dimaksudkan sebagai salah satu solusi dalam mempersiapkan intelektual muslim dan pendidik yang profesional di bidangnya. Gagasan ini lahir dari inisiatif Drs. H. Syamsumir Saibun, Dt. Putiah, yang saat itu menjabat sebagai Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Pesisir Selatan. Ide tersebut kemudian mendapat dukungan dari sejumlah tokoh pendidikan, di antaranya Drs. Rasyidin Rasyid (Kepala MAN Salido), Drs. H. Makmur Tizar (Kepala MAN Koto Berapak), Lukman Tasir, Dt. Tan Alam (Alm) selaku Kasi Pengurus Kandepag Kabupaten Pesisir Selatan, serta Nahsidar Nasir, BA (Kepala MTsN Salido).
Atas kebersamaan dan komitmen mereka, terbentuklah Yayasan Pendidikan Islam (YPI) Al Ikhlas Painan. Melalui Surat Keputusan Menteri Kehakiman RI tanggal 17 Mei 1996 No. C.169 HT.03.01-TH.1996 yang disahkan oleh Notaris Bakti Asih Durin, S.H., Yayasan Pendidikan Islam Al Ikhlas Painan resmi berdiri sebagai lembaga hukum.
Sejak September 1997, yayasan ini mulai menyelenggarakan pendidikan tinggi dengan membuka penerimaan mahasiswa baru dan memulai perkuliahan perdana pada Program Studi Pendidikan Agama Islam. Izin operasional program studi tersebut segera diajukan ke Kementerian Agama RI di Jakarta melalui Direktorat Bimbingan Islam. Hasilnya, keluarlah Keputusan Menteri Agama yang memberikan legitimasi resmi bagi penyelenggaraan program studi.
Selanjutnya, melalui SK No. 742/Kop.VI/1998 tanggal 21 November 1998, Departemen Agama RI Kopertais Wilayah VI Sumatera Barat meresmikan STAI YPI Al Ikhlas Painan sebagai lembaga pendidikan tinggi Islam yang sah dan diakui. Sejak saat itu, STAI YPI Al Ikhlas Painan terus berkembang sebagai institusi yang berkomitmen melahirkan pendidik dan cendekiawan muslim yang profesional, berakhlak, dan berkarakter ilmiah.
Secara geografis, STAI YPI AL-IKHLAS PAINAN berlokasi di Jl. Parak Gadang, Sago Salido, Pesisir Selatan, Sumatera Barat 25651, menjadi bagian penting dari dinamika pendidikan dan pembangunan sumber daya manusia di wilayah Pesisir Selatan.